Phim được coi là một kết thúc thay thế cho loạt phim Kamen Rider 555 với sự việc những thành viên trong Lucky Clover và Shuji Mihara/Kamen Rider Delta không xuất hiện trong phim. Trong phim, công ty Smart Brain và loài Orphnoch đã chiến thắng và giành quyền kiểm soát trên toàn thế giới. Dân số thế giới 90% là loài Orphnochs còn con người thì ngày càng tuyệt chủng do sự tấn công của các Orphnoch. Takumi Inui - Kamen Rider 555, được coi như là vị Đấng cứu thế cho đến khi nghe tin tức là đã chết trong cuộc tấn công của các Riotrooper thuộc công ty Smart Brain. Bắt đầu từ đó, Sonoda Mari đã thành lập một tổ chức kháng chiến giữa con người và Orphnoch.Mari đã tổ chức cuộc tấn công vào trụ sở Công ty Smart Brain để ăn cắp chiếc "Thắt lưng Hoàng đế - một thắt lưng cho người sử dụng một sức mạnh phi thường nhưng thất bại. Những Orphnoch mong muốn được hòa bình là Yuji Kiba, Naoya Kaido và Osada Yuka muốn vào nơi sinh sống của con người (là một công viên bỏ hoang) nhưng không được chấp nhận. Giám đốc Kyoji Murakami - lúc này chỉ còn cái đầu ở trong một bình thủy tinh mời họ tới công ty Smart Brain. Thứ nhất là để khẳng định con người không có chỗ tồn tại trên thế giới này, thứ hai là xác định được sự tồn tại của Thắt lưng Hoàng đế bằng cách gọi Leo (Kamen Rider Psyga) và ba Orphnoch khác. Leo mang chiếc thắt lưng vào và biến thành Kamen Rider Psyga.

Trong khi đó, ở một trại tị nạn của con người gọi là "Thiên đường" (Paradise). Takumi đang sống ở một ngôi nhà với một cô gái tên là Mina với cái tên Takeshi. Hai người làm nghề đóng giày kiếm sống. Khi Yuji Kiba, Naoya Kaido và Osada Yuka tới để thông báo cho mọi người về sự tấn công của công ty Smart Brain nhưng không kịp. Những Riotrooper đã tấn công chỗ này cùng với Kamen Rider Psyga. Trong cuộc tấn công, Masato Kusaka đã xuất hiện và biến hình thành Kamen Rider Kaixa để chiến đấu với Psyga. Vì Psyga quá mạnh nên hắn đã làm trọng thương Masato và giết anh bằng ngón tay của hắn. Cùng lúc đó Keitaro Kikuchi đã chạy ra và lấy được Kaixa Belt. Psyga cố gắng lấy lại Kaixa Belt nhưng hắn bị chặn bởi 3 Orphnoch bên phe con người.

Đêm đó, chỉ có Mari và Takumi (chưa hồi phục trí nhớ) gặp nhau tại nơi tổ chức lễ hội (chỉ có hai người họ) và nhảy một điệu. Mari nói rằng Takumi giống như một người mà cô từng gặp trước đây. Trong lúc đó, một Riotrooper lao ra tấn công Takumi. Anh lờ mờ nhớ lại những ký ức cũ và nhận ra được Mari. Cô dẫn Takumi đi đến một đường ray xe lửa và lôi trong đó ra một vali chứa Faiz Belt và những dụng cụ của chiếc thắt lưng. Bước ra giữa đường đối diện với kẻ đich, Takumi biến thành Kamen Rider Faiz. Với hình dạng Faiz Axel, Takumi nhanh chóng tiêu diệt toàn bộ Riotrooper. Cùng lúc đó, chiếc xe Auto Vajin xuất hiện. Mari dẫn Takumi về trụ sở chính, tuy không có ai vui mừng khi thấy anh mà còn nghi ngờ lý do Takumi biến hình được (chỉ có Orphnoch mới sử dụng được chiếc thắt lưng) là vì anh chính là một Orphnoch. Đêm đó, Mina và Takumi hẹn gặp nhau bên cạnh một dòng suối, cô tiết lộ rằng cha của cô tìm thấy Takumi đang ngất xỉu trong một lùm cây liền mang anh về nhà và cấy những ký ức của Takeshi thật vào. Sau đó Mina trao cho Takumi hệ thống biến hình Faiz Blaster. Đột nhiên tiếng súng vang lên và Mina ngã xuống, người đã bắn cô chính là thành viên quân kháng chiến Mizuhara trong nỗ lực muốn có sức mạnh từ chiếc thắt lưng Faiz Gear. Vì là con người nên Mizuhara không thể biến hình và nhanh chóng bị Yuji Kiba giết chết. Việc đó đã được một thành viên trong quân kháng chiến nhìn thấy.

Bị mọi người phát hiện trong việc giết Mizuhara, Yuji Kiba, Naoya Kaido và Osada Yuka đã phải rời đi để chứng tỏ họ có thể lấy được Thắt lưng Hoàng đế. Ngày hôm sau, ba người tới được trụ sở của công ty Smart Brain. Tuy nhiên, Orphenoch Elasmotherium xuất hiện và cản đường họ. Yuka bị giết còn Kaido thì bị ăn sống. Yuji Kiba ngạc nhiên khi thấy Mari xuất hiện và nói rằng cô muốn lợi dụng họ cho công ty Smart Brain. Yuji Kiba bị đánh ngất và Mari kia lộ hình dạng thật là một Smart Lady.

Ở Paradise, Riotrooper mở một cuộc tấn công lớn vào khu vực này. Với loại huyết thanh mà giáo sư Nomura đưa cho, Keitaro uống vào và dùng thắt lưng Kaixa. Anh chiến đấu với chúng và kết liễu được một Orphnoch nhờ Kaixa Pointer. Nhưng thắt lưng Kaixa tan thành cát vì tác dụng phụ của thuốc. Cùng lúc đó, Psyga xuất hiện và mang Mari đi đến đấu trường công ty Smart Brain.

Ngày hôm sau, Keitaro và Takumi đi đến đấu trường để cứu Mari. Takumi cố ý làm rơi bao đựng súng để Keitaro phải nhặt chúng. Lợi dụng lúc Keitaro không để ý, Takumi phóng xe đi một mình đến đấu trường. Ở Smart Brain Arena, Mari bị nhốt trong một cái lồng sắt để làm thức ăn cho Orphenoch Elasmotherium trước mặt hàng triệu người xem trực tiếp khắp thế giới. Takumi xuất hiện và biến hình thành Faiz rồi chiến đấu với Orphenoch Elasmotherium. Auto Vajin đã bị tiêu diệt khi đang bắn Orphenoch Elasmotherium. Faiz Blaster bị rơi xuống. Takumi nhanh chóng gắn Faiz Pointer vào chân và thực hiện Rider Kick nhưng bị phá bởi Psyga.

Faiz đánh nhau một trận với Psyga ở ngoài sân vận động. Takumi dùng Faiz Axel để đuổi theo Psyga khi hắn dùng thiết bị của mình để chạy trốn. Họ đánh nhau giữa một đám khán giả cuồng nhiệt cổ vũ bên ngoài (họ cổ vũ cho Psyga). Faiz tung một cú đấm khiến Psyga văng vào sàn đấu, hắn nhặt Psyga Edge lên và kích hoạt Exceed Charge. Mari (lúc đó đã chạy thoát khỏi lồng) ném cho Takumi thanh Faiz Edge. Takumi đỡ đòn tấn công của Psyga và di chuyển thanh kiếm đến Psyga Gear. Kích hoạt Exceed Charge, Takumi đã tiêu diệt thành công Psyga và biến hắn thành cát bụi.

Với sự thành công khi đánh bại Psyga, Takumi chuẩn bị giết con quái vật để cứu Mari. Trên màn hình xuất hiện ký hiệu Omega (Ω) và Yuji Kiba từ phía cánh cửa bước ra với một thắt lưng Hoàng đế thứ hai. Takumi và Mari đã rất bất ngờ khi gặp Kiba. Kiba đã nói rằng anh ta thuộc về loài Orphnoch và để minh chứng điều đó, anh ta sẽ đánh bại Takumi. Với chiếc điện thoại trên tay, Kiba nhập mật mã 0-0-0 vào điện thoại và biến hình thành Kamen Rider Orga.

Vì Orga Gear quá mạnh nên Takumi không thể chống đỡ được. Trong khi đó, Mari bị quân lính của Smart Brain bắt và bỏ vào lồng sắt để làm thức ăn cho con Orphenoch Elasmotherium. Khi bị mất hình dạng Faiz, Takumi đã biến thành Wolf Orphnoch và đồng thời tiết lộ cho Mari biết rằng chính bản thân anh là một Orphnoch. Yuji Kiba cũng biến thành Orphnoch để chiến đấu với Takumi. Khi Takumi bị mất dạng Orphnoch và biến thành Faiz, anh chỉ tay lên trời và bảo Mari nói điều mà cô từng nói với anh. Cô gọi anh là "Đấng cứu thế" và nói "Vì đó là Takumi, chính là Takumi". Takumi đứng dậy và nhặt thiết bị Faiz Blaster, cài mật mã và điện thoại rồi biến hình thành Kamen Rider Faiz Blaster Form. Với sức mạnh áp đảo Orga, Takumi nhanh chóng đánh bại Orga và kết thúc bằng tuyệt chiêu Faiz Pointer Exceed Charge. Orga dùng kiếm của mình và kích hoạt Exceed Charge để đỡ nhưng không được.

Sau khi xử lý xong Kamen Rider Orga, con quái vật Orphenoch Elasmotherium tấn công Mari, Takumi nhặt Faiz Blaster lên và nhập mật mã 1-0-3 để Faiz Blaster biến thành cây súng. Kamen Rider Orga đã dùng chính bản thân mình để đỡ đòn của Orphenoch Elasmotherium. Faiz kết thúc nó với một phát Exceed Charge và biến con quái vật thành cát bụi.

Yuji Kiba bị thương quá nặng. Trước khi chết, anh nắm tay Mari và Takumi và nói cho hai người biết mong ước của bản thân. Takumi hứa với Kiba rằng mong ước "Con người và Orphnoch" sống cùng nhau. Giám đốc Murakami bị Smart Lady đưa vào máy nghiền nát. Hai chiếc thắt lưng Hoàng đế đã bị phá hủy bởi Kamen Rider Faiz. Cùng lúc đó, khi Takumi và Mari chuẩn bị rời khỏi đấu trường, những Orphnoch khác chặn đường họ. Takumi bảo họ tránh ra và dẫn Mari đến một chân trời mới, một nơi khác để sinh sống.